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中国药科大学90后博士生带队开发冠状病毒资源数据库

2020年03月26日 16:29:57 来源: 新华网

  3月26日,中国药科大学基础医学与临床药学学院2018级药理学专业博士生孙庆荣带领其团队“CPU-病毒组”成功开发了一个冠状病毒资源数据库Coronavirus Resource Bank(简称“CRB”,网址为http://cov.cpu.edu.cn/)。

团队全体成员

  这是一个专为冠状病毒科研工作者开发的资源数据库平台,旨在使广大学者可以便捷迅速地查找冠状病毒(包括新冠病毒)的相关研究文献,掌握并深入了解冠状病毒的起源、研究历史、研究进程、研究热点等,从而推动各领域科研工作者对冠状病毒进行全方位、多角度的深层次研究和探讨,促进药学、化学、生物学等多学科的交叉融合。

  尽管从建立到完善仅仅才32天,但数据库中整合的文献资源数却不容小觑。截至3月22日,数据库里共收集了9556篇英文研究文献、3052篇中文研究文献、25个英文数据资源平台、6个中文数据资源平台以及18个与病毒学相关的主要分析工具等。

中国药科大学“90后”博士生孙庆荣在家远程访问数据库服务器

  值得一提的是,数据库中的研究报告和综述性论文均以时间轴为核心编排展开,从最早的1965年起开始追踪,直到2020年,时间跨度长达55年,从而最大限度地方便科研工作者基于时间顺序查阅相关文献资料,快速了解冠状病毒在每个年份的研究现状和进程,以此追根溯源,深入探究。

  面对从20世纪60年代至今的海量文献研究资料,孙庆荣和其团队并不是简单地进行全盘收纳整合,而是只保留了学术研究、学术综述、病例解析、数据平台、分析工具等相关内容,更好地集中有效学术资源,既精准覆盖又全面科学,为冠状病毒科研工作服务。

  据了解,孙庆荣师从德国科学院院士、中国药科大学校长来茂德。孙庆荣博士期间外派至浙江大学基础医学院生理病理中心进行结直肠癌转移过程中基因突变的研究,主攻方向为肿瘤生物信息学大数据。

  由于是跨领域研究,孙庆荣在研究过程中发现自己对病毒的前期研究和分析策略不能做到像在研究肿瘤方面那么娴熟。于是,在来茂德的鼓励下,他便萌生了开发创建一个整合冠状病毒资源和相关研究数据库的想法,方便病毒学专业以外的科研人员从事相关研究。

  于是,孙庆荣与来自中国药科大学药学、临床药学、中药学、生物制药等多个专业的11位志同道合的本科生迅速组建了“CPU-病毒组”团队。

  孙庆荣通过对数据板块合理的规划,高效引领着团队进行数据收集和整合。对于国内资源,他们采用人工检索为主的方式对中国知网和万方数据库进行逐一排查;对于国外资源,他们采用API和人工检索相结合的方法,实现数据的整合及入库。为了让大家更方便快捷地看到信息,他们解析了其他数据平台的数据传递接口,以建立平台直达原始数据库的快捷通道。

  “我虽不能到抗‘疫’前线,但作为一名药学科研工作者,希望能利用专业所长为疫情防控尽自己的一份绵薄之力,希望把其他领域的思维转化到病毒学领域,从而推动各领域科研工作者对冠状病毒进行全方位、多角度的深层次研究和探讨,助力国内外科研工作者早日攻破新冠病毒。”孙庆荣表示,这次开发数据库的经历给了他在药物研究方面很深的启发。不仅深入了解了冠状病毒发展史,更在学科融合的过程中开拓了视野,收获了自己在肿瘤生物信息学大数据研究领域内的新思路。

  据悉,下一阶段,孙庆荣和其团队将不断对数据库平台进行资源更新,并加入更多数据分析以及与冠状病毒相关药物的数据资源。(江天潇 姜晨 姜佳彤)

[编辑: 王玥 ]
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