莲池禅院历经宋、元、明三代，至清顺治十三年（公元1656年），若山和尚来此住持，着手扩建鼎新。里人孙垣捐银五百两，使殿堂、廊庑，次第告成，计有弥勒、三世、大悲、观间等殿，傍添斗坛、方丈、三官堂、鹤来轩等处。寺外筑长堤开巨沼，前后榆柳婀娜有致，放生池里芙蕖风摆掩映，一度改名为阿律寺。

    若山和尚，法号通郁，湖北楚黄人，幼时削发于金陵双忠寺。顺治丙申（公元1656年）飞锡莲池院为开山祖师，道行甚高，能诗兼工书法。示寂后数十年龛化时进，端坐火中，耳目口鼻俱有青光叶纳，骨藏于大悲殿西隅塔院中。塔院系雍正七年（公元1729年）主僧天宁建造。

    若山曾为卓锡天童寺道 徒儿本 披剃。道 字木陈，广东人。参讲之外，兼通翰墨，有古惠风。顺治十六年（公元1659年），应召入都，延见文华殿奏对，顺治皇帝赐号弘觉禅师，并赐御书法宝。康熙九年（公元1670年）奉旨南归开建平阳山，到莲池禅院拜访通郁大师，有《留赠若山耶公诗》郁公潜迹锦溪滨，楚水吴山一样春，辟草开荒劳种值，攫头输与住山人。"离时又留诗："才辞金厥泛河滨，客路风尘九十春。不道锦溪留十日，归帆又作渡江人。"

    道的徒弟本 ，字大渊，又字钓雪，姓陈，湖南茶陵人。顺治十六年（1659年），随师被召入都，至中途得师若山札子，折返省视。在莲池禅院参讲之暇，与镇上诸前辈相唱和。后示寂于松江瑞光禅寺，法徒元垅请尤侗铭其塔。

    元垅系华亭巨族李氏子，字牧堂，一字大白。生有异质，工诗文，投大渊为师，卓锡瑞光禅院。康熙四十四年（公元1705年），皇帝南巡，元垅诣涯恭敬，召对献诗，深受赞赏。康熙赐金赐茶外，又赐御扇一柄，上有御笔《登玉峰诗》。康熙驻銮松江，又命十三贝勒胤祥到瑞光寺拈香，再赐元垅匾、对、经卷。康熙回銮，元垅送到淮阴，因寺未修完，没有随驾进京。过了几年，他才到京里进呈新手缮写的《大灯传录》，受到康熙许多赏赐。他返回松江年纪已老，想念起锦溪莲池禅院为师公卓锡之处，遂来溪上与陈鲁庵、陆恬人等辈结社赋诗，月无虚日。出家人和俗家人聚会在清静的莲池净界，搔道捋须，运思酬唱，其情其景，是何等的超脱，何等的雅闲。故而?quot;莲池结社"被列为莲池八景中的一景。

    乾隆三十二年（公元1767年）六月初五日，一场特大风灾袭劫锦溪镇，房倒屋坍，船覆树飞，人畜伤亡，损失惨重。莲池禅院的殿宇、客堂、山门，全被飓风刮得片瓦无存。事后，和尚永辉及里人陆诞英等分别重建，约略恢复原貌。

    乾隆三十八年（公元1773年）重建能神道院文昌阁，将阁移建于莲池禅院。于是，"文举于斯"，使"莲池结社"的活动更为频繁热闹。

    到了民国三十年（公元1941年），莲池禅院有和尚7名，主持僧法号布竹。战争年代，佛门亦在劫难逃，驻进一批黑老鸦变成了伪警署。鹊巢鸠居，大煞风景，香火晶衰，菩萨蒙尘。1964年2月，莲池禅院改建为中学校舍，水乡泽国近千年的佛门之地，成了莘莘学子造诣之所。文昌阁下，书声朗朗，充满了蓬蓬勃勃的朝气。校园内还生存着南宋建寺时所种植的龙柏、罗汉松各一棵，苍虬挺傲，四季常青。一柏一松，仰如一对相依为命的长寿老人，和蔼慈祥地为历史作着见证，让君临者去追思那莲池禅院昔日的梵音！

    1993年锦溪中学全部迁至镇北新区，建造了现代化教学大楼，莲池禅院也将恢复旅游景点。