此次非典型肺炎疫情的病原目前尚未最终确定，国内专家在５例非典型肺炎患者身上所取的标本中发现有衣原体样颗粒，而境外有专家认为可能是一种病毒，主要集中在冠状病毒或副粘液病毒。国内专家已排除了鼠疫、肺炭疽、钩端螺旋体病、流行性出血热、军团病等病原，现正集中研究确证是否属于冠状病毒、衣原体等几个重点病原。